无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
医务室污水处理设备运行稳定，处理效率高；不受污水量的，机动灵活，可单个使用，也可多个联合使用，为后期改扩建标准提升，提供方便；厌氧的时间增加，提高了色度的去除率，同时提高了污水的可生化性，利于后续的好氧处理；可根据现场的情况，采用地上地埋及半地埋的放置方式。
医务室污水处理设备工艺选择原则：
1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
4、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。
不同处理工艺的应用情况考虑到以上原则，本方案设计的医院污水处理工艺流程进行比较，随着污水处理技术不断地发展，近年开发的在国内外普遍应用的工艺有：
1、加强处理效果的一级处理工艺 。2、二级处理工艺
