医院各部门的功能、设施和人员组成情况不同，产生污水的主要部门和设施有：诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X光照像洗印、动物房、同位素诊断、手术室等排水。医院行政管理和医务人员排放的生活污水，食堂、单身宿舍、家属宿舍排水。不同部门科室产生的污水成分和水量各不相同，如重金属废水、含油废水、洗印废水、放射性废水等。而且不同性质医院产生的污水也有很大不同。医院污水较一般生活污水排放情况复杂。
社区卫生室污水处理设备的选择方案原则：在筛选多种治理方案的前提下，合理选定设计方案，减少工程造价，减少建设投资，减少运行费用，主体工艺路线尽量采用自流方式，减少动力消耗，节约能源；本着切合实际，经济合理，安全适用的原则，采用成熟的工艺，增加工艺含量，完善节能措施。
无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
社区卫生室污水处理设备运行稳定，处理效率高；不受污水量的，机动灵活，可单个使用，也可多个联合使用，为后期改扩建标准提升，提供方便；厌氧的时间增加，提高了色度的去除率，同时提高了污水的可生化性，利于后续的好氧处理；可根据现场的情况，采用地上地埋及半地埋的放置方式。
