无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
医院污水处理成套设备运行稳定，处理效率高；不受污水量的，机动灵活，可单个使用，也可多个联合使用，为后期改扩建标准提升，提供方便；厌氧的时间增加，提高了色度的去除率，同时提高了污水的可生化性，利于后续的好氧处理；可根据现场的情况，采用地上地埋及半地埋的放置方式。
医院污水处理成套设备工艺的具体思路如下：
①预处理：
首先通过格栅拦截，主要作用是去除污水中较大的悬浮或漂浮物，以减轻后续水处理工艺的处理负荷，并起到保护水泵、管道、仪表等作用。接着由提升泵定量提升至调节池进行水质水量的调节。
②二级处理：
经调节后的污水通过生物接触氧化法及MBR进行二级处理。
在生化处理系统中利用生物膜的作用使有机污染物首先转化为氨氮，同时通过好氧硝化和缺氧反硝化过程既去除有机物又去除了氨氮。生化池配以新型的高密型弹性立体填料，该填料具有负荷高、施工简易、体积小、运行稳定可靠、管理方便、维修更换方便等优点。
污水经生化处理后进入MBR膜池进行固液分离，污泥部分经污泥回流进入缺氧池进行脱氮除磷，上清液经溢流流入中间水池。
③消毒处理
污水进入消毒池，进行消毒处理，经消毒处理后能确保污水经处理后各项指标全部达标。
④污泥处理
沉淀池污泥回流后的剩余污泥经简单的浓缩消化，然后定期外运。
