医院污水特别是方舱医院污水其污水水质性质和生活污水差不多，不同就是污水内可能菌群超标，需要在污水处理设备末尾的消毒工艺上适当延长污水消毒时间，医院污水处理设备运行模式为全自动运行模式，可以去除污水当中的COD、BOD、氨氮、大肠杆菌等污染物。
为达到中出水水质要求，本污水处理工艺包含预处理（格栅、调节池）、二级处理（生化+MBR池）、消毒等环节。
加强处理效果的一级强化处理适用于处理出水进入二级处理城市污水处理厂的综合医院。二级处理工艺适用于传染病医院(包括带传染病房的综合医院)和排入自然水体的综合医院污水处理。
无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
医院污水处理设备运行稳定，处理效率高；不受污水量的，机动灵活，可单个使用，也可多个联合使用，为后期改扩建标准提升，提供方便；厌氧的时间增加，提高了色度的去除率，同时提高了污水的可生化性，利于后续的好氧处理；可根据现场的情况，采用地上地埋及半地埋的放置方式。
